Hướng dẫn khai thuế GTGT, TNDN đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Hướng dẫn khai thuế GTGT, TNDN đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Tùy phương pháp nộp thuế, nhà thầu nước ngoài có thể trực tiếp khai thuế hoặc bên Việt Nam có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thuế thay. Một số lĩnh vực đặc thù như hàng không, vận tải và tái bảo hiểm cũng được áp dụng cơ chế khai thuế riêng.

Vậy nhà thầu nước ngoài khai thuế GTGT, TNDN như thế nào theo Thông tư 89/2026/TT-BTC? Trường hợp nào khai theo từng lần thanh toán, trường hợp nào được khai theo tháng hoặc theo quý?

Nhà thầu nước ngoài khai thuế GTGT, TNDN theo những phương pháp nào?

Theo Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC, việc khai thuế đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài được chia thành các trường hợp chính sau:

• Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và nộp thuế TNDN trên cơ sở kê khai doanh thu, chi phí để xác định thu nhập chịu thuế;
• Nộp thuế GTGT tính trực tiếp trên doanh thu và thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu tính thuế;
• Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ nhưng thuế TNDN được tính theo tỷ lệ % trên doanh thu.

Mỗi phương pháp có chủ thể khai thuế, kỳ khai thuế và hồ sơ khác nhau.

Trường hợp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và TNDN theo doanh thu, chi phí

Đối với nhà thầu nước ngoài thực hiện đầy đủ chế độ kế toán và thuộc trường hợp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, thuế TNDN trên cơ sở doanh thu, chi phí để xác định thu nhập chịu thuế, việc khai thuế được thực hiện như sau:

• Thuế GTGT khai theo hướng dẫn tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC;
• Thuế TNDN khai theo hướng dẫn tại Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Trong trường hợp này, nhà thầu nước ngoài trực tiếp thực hiện nghĩa vụ khai thuế theo phương pháp áp dụng đối với hoạt động của mình.

Trường hợp thuế GTGT và TNDN đều tính theo tỷ lệ trên doanh thu

Đây là trường hợp phổ biến khi bên Việt Nam ký hợp đồng với nhà thầu nước ngoài và có trách nhiệm khấu trừ, nộp thuế thay.

Theo Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC, việc khai thuế được thực hiện theo từng lần phát sinh thanh toán tiền cho nhà thầu nước ngoài.

Như vậy, mỗi lần bên Việt Nam thực hiện thanh toán theo hợp đồng có thể làm phát sinh nghĩa vụ khai và nộp thuế nhà thầu.

Thanh toán nhiều lần trong tháng có phải khai thuế từng lần không?

Không nhất thiết.

Nếu bên Việt Nam thanh toán tiền cho nhà thầu nước ngoài nhiều lần trong cùng một tháng, người nộp thuế có thể đăng ký khai thuế theo tháng thay vì phải thực hiện khai theo từng lần thanh toán.

Quy định này giúp giảm số lượng hồ sơ phải nộp trong trường hợp hợp đồng có tần suất thanh toán cao.

Tuy nhiên, doanh nghiệp cần thực hiện việc đăng ký khai theo tháng theo đúng quy định thay vì tự động chuyển kỳ khai thuế.

Ai có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài?

Trong trường hợp áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu, bên Việt Nam ký hợp đồng với nhà thầu nước ngoài có trách nhiệm:

• Khấu trừ thuế;
• Kê khai thuế;
• Nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài;
• Nộp hồ sơ khai thuế;
• Nộp hồ sơ quyết toán thuế khi thuộc trường hợp phải quyết toán.

Hồ sơ được nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên Việt Nam.

Do đó, doanh nghiệp Việt Nam khi ký hợp đồng với đối tác nước ngoài cần xác định rõ ngay từ đầu trách nhiệm về thuế nhà thầu và cách xác định giá trị hợp đồng đã bao gồm hay chưa bao gồm các khoản thuế phải nộp tại Việt Nam.

Khi nào phải quyết toán thuế nhà thầu?

Đối với phương pháp tính thuế GTGT trực tiếp trên doanh thu và thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu, việc quyết toán được thực hiện khi kết thúc hợp đồng nhà thầu nếu phát sinh thay đổi số thuế đã kê khai và nộp.

Như vậy, không phải trong mọi trường hợp kết thúc hợp đồng đều phát sinh thêm nghĩa vụ thuế, nhưng doanh nghiệp cần rà soát số liệu đã khai trong toàn bộ thời gian thực hiện hợp đồng để xác định có chênh lệch hay không.

Hồ sơ khai thuế nhà thầu thực hiện theo mẫu nào?

Hồ sơ khai thuế đối với hoạt động kinh doanh và các loại thu nhập khác của nhà thầu nước ngoài được thực hiện theo điểm 15 Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Tùy phương pháp tính thuế và loại hoạt động, thành phần hồ sơ cụ thể sẽ được xác định theo mẫu tương ứng tại Phụ lục này.

Doanh nghiệp nên kiểm tra đúng mẫu áp dụng cho từng khoản thanh toán và từng loại thu nhập để tránh khai sai hồ sơ.

Hãng hàng không nước ngoài khai thuế thế nào?

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định riêng đối với hãng hàng không nước ngoài. Theo đó:

• Văn phòng bán vé hoặc đại lý tại Việt Nam của hãng hàng không nước ngoài có trách nhiệm khai và nộp thuế TNDN cho hãng;
• Hồ sơ khai thuế được nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Văn phòng bán vé hoặc đại lý tại Việt Nam;
• Việc khai thuế được thực hiện theo quý.

Hồ sơ thực hiện theo điểm 15 Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hãng vận tải nước ngoài khai thuế ra sao?

Đối với hãng vận tải nước ngoài, tổ chức làm:

• Đại lý tàu biển; hoặc
• Đại lý giao nhận vận chuyển hàng hóa

cho hãng vận tải nước ngoài có trách nhiệm khấu trừ và nộp thuế thay.

Hồ sơ khai thuế được nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên đại lý của hãng vận tải.

Khác với một số trường hợp khác, hãng vận tải nước ngoài thực hiện:

• Tạm nộp thuế theo quý;
• Quyết toán theo năm.

Hồ sơ cũng được thực hiện theo điểm 15 Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Tái bảo hiểm nước ngoài khai thuế như thế nào?

Đối với hoạt động tái bảo hiểm nước ngoài, bên Việt Nam có trách nhiệm:

• Khấu trừ thuế;
• Khai thuế;
• Nộp thuế thay cho tổ chức tái bảo hiểm nước ngoài.

Hồ sơ được gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên Việt Nam.

Kỳ khai thuế đối với tái bảo hiểm nước ngoài là theo quý.

Trường hợp GTGT khấu trừ nhưng TNDN tính theo tỷ lệ trên doanh thu

Thông tư 89/2026/TT-BTC còn quy định trường hợp nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài áp dụng kết hợp:

• Thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ;
• Thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu tính thuế.

Trong trường hợp này, nhà thầu nước ngoài hoặc nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp thực hiện khai thuế.

Hồ sơ khai thuế và quyết toán được nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên Việt Nam.

Thuế GTGT trong phương pháp hỗn hợp khai như thế nào?

Đối với phương pháp này, thuế GTGT tiếp tục được khai theo phương pháp khấu trừ theo hướng dẫn tại Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Nhà thầu phải theo dõi đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra và các điều kiện khấu trừ tương ứng theo quy định.

Thuế TNDN theo tỷ lệ doanh thu khai khi nào?

Thuế TNDN được tính theo tỷ lệ % trên doanh thu tính thuế và khai theo từng lần phát sinh thanh toán tiền cho nhà thầu nước ngoài.

Nếu nhà thầu nước ngoài nhận nhiều khoản thanh toán trong cùng tháng thì có thể đăng ký khai thuế theo tháng thay cho từng lần phát sinh.

Khi kết thúc hợp đồng, nếu số thuế đã khai và nộp có thay đổi thì phải thực hiện quyết toán theo quy định.

Mẫu BK04-ĐKT dùng để làm gì?

Bên cạnh quy định về khai thuế tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, Thông tư 90/2026/TT-BTC ban hành Mẫu BK04-ĐKT - Bảng kê các nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài.

Mẫu này được sử dụng trong thủ tục đăng ký thuế khi người nộp thuế có hợp đồng với nhà thầu nước ngoài hoặc nhà thầu phụ nước ngoài thuộc trường hợp phải kê khai thông tin.

Theo hướng dẫn của Mẫu 01-ĐKT, nếu người nộp thuế có hợp đồng với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài thì phải đánh dấu vào chỉ tiêu tương ứng và thực hiện kê khai thông tin trên Mẫu BK04-ĐKT.

Do đó, cần phân biệt:

• Thông tư 89/2026/TT-BTC chủ yếu quy định về khai, nộp và quyết toán các sắc thuế;
• Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định về đăng ký thuế và các bảng kê thông tin đăng ký, trong đó có BK04-ĐKT.

Thay đổi thông tin đăng ký thuế được xử lý trong bao lâu?

Theo Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC, thời hạn xử lý phụ thuộc vào nội dung thông tin thay đổi.

Thay đổi thông tin không ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký thuế

Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế quản lý trực tiếp cập nhật thông tin vào hệ thống đăng ký thuế.

Thay đổi thông tin trên Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế:

• Cập nhật thông tin;
• Ban hành Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế điện tử đã điều chỉnh;
• Gửi kết quả cho người nộp thuế.

Chuyển địa điểm kinh doanh có phải làm thủ tục với cơ quan thuế không?

Có.

Nếu việc thay đổi thông tin làm thay đổi cơ quan thuế quản lý, người nộp thuế phải thực hiện thủ tục tại:

• Cơ quan thuế nơi chuyển đi;
• Cơ quan thuế nơi chuyển đến.

Tùy mức độ rủi ro của người nộp thuế, cơ quan thuế nơi chuyển đi có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở trước khi cho phép hoàn tất việc chuyển địa điểm.

Trường hợp phải kiểm tra trước khi chuyển địa điểm

Nếu người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở, trong vòng 02 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo về việc kiểm tra và dự kiến thời gian thực hiện.

Sau khi có kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế nếu có, trong thời hạn 05 ngày làm việc, cơ quan thuế ban hành Thông báo chuyển địa điểm theo Mẫu 09-MST.

Nếu người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra trụ sở, trong vòng 2 ngày làm việc, cơ quan thuế phải thông báo về việc kiểm tra và dự kiến thời gian thực hiện

Trường hợp không phải kiểm tra trước khi chuyển địa điểm

Nếu người nộp thuế không thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở, trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo chuyển địa điểm theo Mẫu 09-MST.

Sau đó, cơ quan thuế nơi chuyển đến tiếp tục cập nhật thông tin.

Cơ quan thuế nơi chuyển đến xử lý trong bao lâu?

Trong vòng 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế nơi chuyển đến:

• Cập nhật thông tin đăng ký thuế;
• Ban hành Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế điện tử mới;
• Gửi kết quả cho người nộp thuế.

Không hoàn tất thủ tục chuyển địa điểm thì xử lý thế nào?

Nếu sau khi cơ quan thuế nơi chuyển đi đã ban hành Mẫu 09-MST mà người nộp thuế không tiếp tục thực hiện thủ tục tại nơi chuyển đến, Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định cơ chế xử lý cụ thể.

Trong vòng 10 ngày làm việc, nếu không tiếp tục chuyển địa điểm, người nộp thuế phải gửi Mẫu 31/ĐKT để đề nghị hủy thủ tục chuyển địa điểm.

Nếu không thực hiện, cơ quan thuế có thể:

• Yêu cầu giải trình;
• Yêu cầu bổ sung hồ sơ;
• Xác minh hoạt động thực tế tại địa chỉ mới.

Không hoạt động tại địa chỉ đăng ký chuyển đến có hậu quả gì?

Nếu qua xác minh cho thấy người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký chuyển đến, cơ quan thuế phối hợp với chính quyền địa phương hoặc cơ quan Công an lập biên bản xác minh.

Sau đó, cơ quan thuế nơi chuyển đi có thể:

• Ban hành thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký;
• Cập nhật trạng thái mã số thuế;
• Công khai thông tin theo quy định.

Đây là rủi ro doanh nghiệp cần đặc biệt tránh khi thực hiện thủ tục thay đổi trụ sở.

Doanh nghiệp Việt Nam ký hợp đồng với nhà thầu nước ngoài cần lưu ý gì?

Trước khi thực hiện thanh toán cho nhà thầu nước ngoài, bên Việt Nam nên kiểm tra:

• Nhà thầu áp dụng phương pháp tính thuế nào;
• Ai là người trực tiếp khai và nộp thuế;
• Hợp đồng quy định giá gross hay net;
• Tỷ lệ thuế GTGT, TNDN áp dụng cho từng loại dịch vụ, hàng hóa;
• Thời điểm phát sinh nghĩa vụ khai thuế;
• Thanh toán nhiều lần trong tháng có nên đăng ký khai theo tháng không;
• Có phải quyết toán khi kết thúc hợp đồng không;
• Có phải kê khai BK04-ĐKT trong hồ sơ đăng ký thuế hay không.

Đặc biệt, điều khoản thuế trong hợp đồng với nhà thầu nước ngoài cần được soạn rõ vì cách xác định giá hợp đồng có ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế mà bên Việt Nam phải khấu trừ hoặc chịu thay.

Tóm lại, khai thuế nhà thầu nước ngoài theo Thông tư 89 được thực hiện ra sao?

Theo Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC, cách khai thuế GTGT và TNDN phụ thuộc vào phương pháp tính thuế mà nhà thầu nước ngoài áp dụng.

Đáng chú ý:

• GTGT khấu trừ + TNDN theo doanh thu, chi phí: nhà thầu khai theo Điều 19 và Điều 21;
• GTGT trực tiếp + TNDN theo tỷ lệ doanh thu: bên Việt Nam khấu trừ, nộp thay; khai theo từng lần thanh toán hoặc đăng ký khai theo tháng nếu thanh toán nhiều lần;
• Hãng hàng không nước ngoài: khai theo quý;
• Hãng vận tải nước ngoài: tạm nộp theo quý, quyết toán theo năm;
• Tái bảo hiểm nước ngoài: khai theo quý;
• GTGT khấu trừ + TNDN theo tỷ lệ doanh thu: nhà thầu trực tiếp khai, trong đó TNDN khai theo lần thanh toán hoặc theo tháng nếu đáp ứng điều kiện.

Hồ sơ khai thuế và quyết toán tương ứng được thực hiện theo điểm 15 Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Nếu có bất kỳ thắc mắc hay cần tư vấn pháp luật vui lòng liên hệ chúng tôi qua các hình thức sau:

Hotline Luật sư tư vấn trực tiếp: 1900 2929 01

Nhập thông tin đăng ký tư vấn luật tại đây: https://luatsulh.com/dang-ky-tu-van.html

Liên hệ đặt lịch hẹn qua zalo số: 0903 796 830

Website: https://luatsulh.com/

Văn phòng: Hồ Chí Minh | Hà Nội | Khánh Hòa

Theo dõi Công ty Luật LH Legal tại:

Website: https://luatsulh.com/

Facebook: Luật sư LH Legal

Youtube: Luật sư LH Legal

Kênh Tiktok Luật sư Hoà: Luật sư Hoà (LH Legal)

Kênh Tiktok Công ty: Luật sư LH Legal

Kênh Tiktok Luật sư Hình sự: Luật sư Hình sự

Kênh Zalo OA

Hồ sơ năng lực LH Legal